На правах первой идеи пришедшей в голову...

... 
flag = 0;
for (i = 0; i < 100; i++) {
  flag += (input1[i] ^ input2[i]); // input1[i] XOR input2[i] == 0 on match. 
}
if (flag != 0) { FAIL! } 

Заметьте:
1) в core loop нет условных бранчей, на процах с бранчпредиктором это важно
2) нет зависимости поведения от входных данных, всегда жует 100 байтов хоть что.
3) вердикт выносится после проверки всей чушки "от и до" а математика по всей площади одинаковая.

После этого момента времянки уже не важны - цель срубить итеративный анализ поведения побайтово. В этом смысле идея в том что core loop всегда должен работать одно и то же время. В нем по задумке только (регистровая) математика.

Disclaimer:
1) я не считаю себя профессиональным криптографом.
2) это иллюстративный псевдокод на тему.