> но насколько я понял

Кажется, ты ничего не понял.

> gpac не помог

А по *твоей* ссылке написано, что помог: "A workaround I found is to use mp4box".

> файлы битые

Битые файлы отдал ютуб, их скормили ffmpeg'у, он отказался их есть ("error reading header") и ничего не поломал, т.к. он не меняет файлы in-place.

> сломали поддержку вполне валидных mp4

(не буду отвечать на все 10 твоих сообщений)
Это ложь, судя по исправлению с "Ignoring duplicate FTYP" по твоей ссылке. Стандарт про этот Box говорит "Quantity: Exactly one".

> *претензия в целом к встроенным (де)муксерам*

Я не вижу проблемы муксить отдельным инструментом (mkvtoolnix, в моём случае), потому помимо не всегда хороших муксеров в ffmpeg есть куча незаменимых инструментов. То есть незаменимых конвейерами gstreamer'а... то есть gst-launch-1.0. Либо потому что там нет нужного, либо потому что оно не задокументировано, либо потому что там адъ. Ему надо отдать должное за поддержку некоторых старых видеоформатов, за стриминг, но он не заменяет ffmpeg.