>>> yumdownloader --source <имя_пакета>
>>> yum-builddep <скачанный_пакет>
>>> rpmbuild --rebuild <скачанный_пакет>
> Примеры проблем?

Простите, я шляпой практически не пользовался, все как-то больше на gentoo
Подскажите плз, вам это приходится делать каждый раз при обновлении пакета, или достаточно один раз при установке системы указать, что этот пакет будет отличаться от того что в репах ВОТ-ЭТИМ-КЛЮЧЕМ?

Бо в портежах можно гибко настраивать USE-ы как для всей системы, так и для одного пакета. А девелоперы, по возможности, стараются все ключевые параметры make config-а вынести в USE (чел расписывающий USE как прокси к make config отчасти прав, но это все равно что сказать - АВТО ИЗОБРЕЛИ лишь чтоб ЛОШАДЕЙ НЕ МУЧАТЬ). Кстати, и зависимости(какие версии каких пакетов с какими ключами необходимы для сборки и/или выполнения) также гибко настраиваются USE-ами.

Следующий момент. включение/выключение некоторых USE-ов(тут по сути параметров make config) как вы понимаете, изменяет список экспортируемых функций. В случае если функция экспортируемая пакетом(по сути ключ с которым этот пакет собран) необходим другому пакету, обычное обновление мира
emerge @world -DNuavt
сразу покажет где и что по ошибке отключено. такое возможно благодаря ЦЕНТРАЛИЗОВАННОЙ СИСТЕМЕ USE-флагов.

Далее, вот обновили вы некую библиотеку. В результате чего приложения которые импортили либы старой версии, не смогут найти новые. Нет я знаю, что можно засирать /{,usr{,/local}}/lib симлинками на новые версии библиотек но со старыми версиями в названии(я такое видел, вызвало невольную ассоциацию с добавлением в %windir%/system32/drivers из одной малоинтересной ОС). Можно попробовать обновить этот пакет из репозитария (если конечно репа официальная, или в репах уже версия с актуальной зависимостью), можно даже установить этот пакет из сорцов по приведенному вами выше принципу.

Ну а можно выполнить
emerge -avt1 @preserved-rebuild
и получить желаемое - обновление пакетов с битыми зависимостями. Кстати, в случае бинарного обновления пакетов из своего PORTAGE_BINHOST(или  предоставляемого сообществом, к примеру как в кальке), само собой, пакеты с измененными USE-флагами будут компилироваться а не качаться. И даже если вас новая версия чем-то не устроит, всегда можно замаскировать обновление именно этого пакета, но не поломать зависимости обновляемых утилит от новой версии либы(тот самый @preserved-rebuild).

> Я просто хочу понять, в чем эти преимущества заключаются, если они есть на самом деле.

Постарался разъяснить. Убедил?