>Реестр это бинарная свалка, а /etc такая же помойка, только текстовая с кучей файлов. Вот оно отличие, оно одно. Вообще-то Вы немного ошибаетесь насчёт /etc/:
1. Содержит в себе основные файлы конфигурации системы, (можно отнести к HLM) однако это не единственный каталог для хранения конфигураций;
2. Содержит скрипты управления демонами, инициализацией системы и т.д;
3. В отличии от реестра винды который действительно представляет собой свалку (засерается всем и вся) в /etc/ простым (не специализированным) приложениям доступ закрыт;
Опишу более подробно почему я считаю именно так. В реестре винды хранятся настройки от собственно самой машины до того как будет вести себя эксплорер, прав пользователя, хлам от удалённого тобой софта который успел наклепать вендерлоки, защиты от копираста, и т.п.
Чем больше будет записей тем труднее системе по этому самому реестру передвигаться, искать нужное... это и приводит к тормозам.
4.1 В отличии от бинарного файла в винде, /etc/ хранит текстовые конфигурации которые можно всегда прочитать и восстановить без особых проблем (просто попросив к примеру пакетный менеджер поставить их заново).
4.2 Даже после сильного повреждения /etc/ система будет работать и восстановление системы в рабочее состояние будет не столь болезненно (что вытекает из 4 пункта). Винде к примеру после простой работы вирей появляются всем известные проблемы когда винда не знает как же запустить exe файлы...;
/usr/local/etc/:
1. Так же хранит конфигурационные файлы установленных приложений - что может быть весьма удобно для установки разных версий приложений, отладки, настройки под себя....;
2. Так же как и /etc/ может содержать подкаталоги приложений;
3. Редко используется в GNU/Linux т.к. обычно пользователям достаточно использовать /etc/.
Это то что первое пришло на ум, можно более детально описать различия, но оно того не стоит.
